Алгачкы тыюу салуулар 2003-2008-жылдарга туура келет. Бул мезгилде негизинен эл аралык деңгээлде аныкталган террористтик жана экстремисттик уюмдарга тыюу салынган. 2003-жылы 20-августта Жогорку Сот "Чыгыш Түркстан ислам кыймылы", "Чыгыш Түркстанды бошотуу уюму", "Хизбут-Тахрир-аль-Ислами" жана "Өзбекстан ислам кыймылы" сыяктуу уюмдарга тыюу салды. Бул чечим региондогу коопсуздук кырдаалына жана коңшу өлкөлөр менен кызматташтыкка байланыштуу кабыл алынган.
2006-жылы "Аль-Каида" жана "Талибандар кыймылы" сыяктуу глобалдык террористтик уюмдар “кара тизмеге” киргизилди. Бул чечим Кыргызстандын эл аралык терроризмге каршы күрөшкө кошуларын көрсөттү. Ал эми 2008-жылы "Күрт элдик конгресси" жана "Жихад тобу" сыяктуу уюмдарга тыюу салынды.
2012-2017-жылдар: алгачкы учурда көбүнчө эл аралык деңгээлде таанылган уюмдарга тыюу салынса, кийинки мезгилде диний экстремизмдин жаңы формаларына көңүл бурула баштады.
Атап айтканда, бара-бара жергиликтүү деңгээлде пайда болгон топтор да тынчсыздануу жараткан. 2012-жылы "Жайшуль Махди", "Жунда-аль Халифат", "Ансаруллох" жана "Ат-Такфир Валь-Хижра" сыяктуу уюмдар кара тизмеге кошулду. Аталган уюмдардын көбү исламдын радикалдуу такфиризм идеологиясына таянган, кээ бирлери болсо Кыргызстанда түзүлгөндөр болуп чыкты.
Мисалы, 2010-жылы сентябрь айында Бишкектеги синагогада жана ноябрь айында Спорт ордосунун алдында болгон жарылууга, Сокулуктагы АКШ жаранын тоноого жана 2011-жылдын башында милиция кызматкерлеринин өлүмүнө катыштыгы бар "Жайшуль Махди" кыргызстандык жаштар түзгөн экстремисттик уюм деп сыпатталган.
Такфиристтик уюмдар адатта мусулман коомчулугунун ичинде жана сыртында адамдарды "каапыр" деп айыптап, аларды Исламдан чыккандар катары эсептеп, бутага алганы менен чочулоо жаратат.
Ал эми 2014-жылы "Акромия" уюмуна жана Саид Бурятскийдин пропагандалык материалдарына тыюу салынган. 2015-жылы "Ислам мамлекети", "Жабхат ан-Нусра", "Катибат аль-Имам аль-Бухари" жана "Жаннат Ошиклари" сыяктуу уюмдардын ишмердигине бөгөт коюлду.
Аталган чечимдер Жакынкы Чыгыштагы, Сирия менен Ирактагы “Ислам мамлекети” уюмунун согуштук аракеттерине жана алардын Борбордук Азияга таасирине байланыштуу кабыл алынган. 2016-жылы "Жамаат ат-Таухид валь-Жихад" уюмуна, ал эми 2017-жылы "Йакын-Инкар" тобуна тыюу салынган.
Тыюу салынган уюмдардын көбүнүн максаты мамлекеттик институттарды четке кагып, исламдык өлкө түзүү жана шарият мыйзамдарын орнотуу болгону менен коркунучтуу.